La combustión se realiza de forma casi perfecta, no produciendo prácticamente humo, por lo que no se necesita instalar grandes chimeneas. La formación de ceniza también es mínima ya que el rendimiento energético de estos equipos puede ser muy alto.
La salida de humos que requiere una estufa de pellets es de un diámetro muy reducido (normalmente 80 mm), con lo que su integración en el edificio resulta muy cómoda y atractiva.
Existen diferentes posibilidades para trazar la chimenea al exterior. Todas ellas requieren de una altura mínima de entre 1,5 – 2 metros, lo que las hace muy versátiles tal y como se observa en las figuras adjuntas: 
Para un correcto funcionamiento es indispensable garantizar un reciclaje de aire en el local a través de una toma de aire.
Hay que tener en cuenta en el trazado de la chimenea que un exceso de codos y de tramos horizontales puede provocar un mal funcionamiento del calefactor.